Ce documentaire révèle une histoire naturelle hors du commun, celle d'un envahisseur venu des Amériques : le crabe bleu. Ce crustacé alien colonise progressivement toute la Méditerranée et sème le trouble sur son passage. Il serait coupable de détruire la biodiversité endémique des régions dans lesquelles il s'installe. Crabe bleu, chronique d'une invasion explore les écosystèmes aquatiques mythiques de la Méditerranée à travers le prisme de ce crustacé exotique. En menant l'enquête sur son arrivée et les manières dont l'homme se bat contre son invasion, il nous est donné de découvrir à quel point les questions écologiques irriguent toute notre société.