Après son divorce, Helen Grace a dû quitter New York avec ses jumeaux, Jared et Simon, et sa fille, Mallory, pour trouver refuge dans l'ancienne résidence de son grand-oncle, l'éminent naturaliste Arthur Spiderwick. Une nouvelle vie commence pour les Grace dans cette bâtisse isolée, un rien sinistre, où les trois enfants ne tardent pas à faire d'étranges rencontres. Après avoir mis à jour la cachette d'un espiègle farfadet, Jared découvre au grenier un somptueux ouvrage, rédigé par Arthur Spiderwick et orné d'illustrations d'animaux fantastiques de toutes espèces.