Alors qu'elle était enfant, Molly a fait une expérience hors du commun ; elle a vu une créature extraterrestre, sans que les Men in Black lui effacent la mémoire. Dès lors, elle n'a eu qu'un seul rêve : faire partie de ce corps d'élite. Enfin recrutée, Molly devient l'agent M et prend la direction de Londres, où elle fera équipe avec H, le meilleur agent de l'organisation. Mais aujourd'hui, les Men in Black s'attaquent à la menace la plus importante qu'ils aient jamais rencontrée à ce jour : une taupe au sein de l'organisation.