Leonardo, Donatello, Raphael et Michelangelo, tortues géantes encore ados, vivent dans les entrailles de New York avec leur père, un rat d'égout maître kung-fu qui les a élevés dans la peur des humains. En vadrouille, les quatre frères vont croise la route de la jeune April O'Neil, une apprentie journaliste plutôt sympathique. Cette rencontre leur ouvre les portes d'un univers jusque-là inconnu. Ils en redemandent.