L'arme d'Anubis détruite, O'Neal et Sam sont de retour à la base pour apprendre que Jonas et Daniel n'ont pu s'échapper. Pour couronner le tout, Hammond est sans nouvelles de Yu qui avait promis de tendre un piège à Anubis.O'Neal flaire une traîtrise. C'est alors que Kelowna, attaquée et envahie par les troupes d'Anubis, sollicite l'aide du SGC. Arrivés à Kelowna, O'Neal et Sam découvrent qu'Anubis a fait main basse sur les réserves de naquadaria, une matière première dont le flux énergétique est très puissant. Mais pour maîtriser le naquadaria il doit également retrouver un cristal fossile que ses troupes recherchent activement.